首先是糧食問題。糧食是社會發展的最重要基石。目前，越來越多的地區，尤其是像“長三角”“珠三角”這樣的超大型城市群，在快速的市場化、城市化進程中，越來越依賴市場、貿易來保障糧食，也就是在依賴外部糧食生產基地來保障本地數千萬居民的糧食。但由于糧食生產的利益，機會成本，各個地區包括一些“主產區”很多都無心生產糧食。生產越多，可能賠的越多。這種情況發展下去就會形成一種糧食危機的“囚徒困境”。根據華南師范大學的GADS數據庫計算，我國能夠長期、穩定地輸出糧食的地區主要是黑龍江、吉林等省，山東、河北、河南、安徽等傳統“主產區”都面臨沙化問題、水源問題和城市化圈地問題，由此導致糧食進口越來越多，對國際市場的依賴程度逐漸加重。基于這種情況，習總書記指示“中國人的飯碗任何時候都要牢牢端在自己手上”。根據統計，2003年以后，中國糧食總產量連續12年增長，但是，大豆、谷物、牛肉、豬肉的進口也在同步增長，這是一個矛盾的現象。若存在著數字的失真，非常容易導致糧食危機突然爆發。由此，就需要進行糧食生產、流通和儲備體制的改革，重點應該是改革原來的“主產區、主銷區”制度，“主銷區”應該努力保護、鞏固本地區糧食生產潛力。

    第二是食品問題。中國農產品市場日益繁榮，這是市場化改革的一大成就。但是與此同時，食品問題日益暴露，嚴重威脅到城鄉居民的健康。這說明數量上的豐裕與繁榮，并不能替代質量上的。目前，各地小規模、細碎性的“承包戶”承擔了中國農業生產的主要任務，由于市場利益驅動、技術水平參差不齊和生產信息不對稱，這些“承包戶”很容易以非方式生產谷物、生豬、肉雞、雞蛋、魚、蔬菜等農副產品，導致食品中農藥、除草劑、、激素等嚴重超標。而較大規模的農場、養殖場，同樣在利益的驅動下，也可能利用信息不對稱，采用各種非手段，以擴大規模、占領市場、增加利益。由此，農產品供給側的確存在一種非的生產機制。北京等地的“社區支持農業”（CSA）模式就是在這種背景下方興未艾的。但是這種方式顯然難以推廣。所以，如何實現食品是農業供給側結構性改革面臨的棘手問題。僅僅靠加強監管、比如建立食品追溯制度是不夠的，在利益的驅動下，生產者、經銷商總是有機會“道高一尺魔高一丈”，逃避各種監管。關鍵還是要在生產側把分散的農戶組織起來，強化標準，規范管理。同時建立農戶與居民之間的互動和信任，逐漸形成生產者的自律。農業生產側實現了，食品才有堅實的基礎和保證。

    第三是農業資源的可持續問題。農業資源，包括耕地、山地、水面、物種，是農業最重要的自然基礎。農業資源，才會有糧食、食品。但是在中國的市場化進程中，多年的掠奪性開發已經導致各地的農業資源、農業生態環境出現嚴重問題。耕地、水源的農藥、化肥、除草劑、等污染嚴重，還有工業廢水污染、工業廢氣污染，這是非常危險的趨勢。其危害還不僅僅是危及糧食，對城鄉居民的健康、生存都會構成嚴重威脅。在最近召開的中央農村工作會議上，農業部部長韓長賦坦陳：“我國農業資源長期透支、過度開發，資源、環境兩道‘緊箍咒’越繃越緊，拼資源拼投入的傳統老路已經難以為繼。”為此，中央提出了“綠色生態發展”的新概念、新方向。但是應該如何實施“綠色生態發展”？這就需要各個地區進行深刻的制度反思、政策反思和和路徑創新。一方面需要加強鄉村的總體規劃和農地“用途管制”，遏制趨利性農業的掠奪性、無序性、破壞性。積極探索集體經濟、合作社的整體性發展道路。另一方面需要在技術、資金上幫助各個村集體經濟組織，統一行動，修復被面源污染嚴重破壞的村莊生態環境。

    北歐的挪威、瑞典、芬蘭一直是幸福指數的，其最顯著的標志不是現代化的高樓大廈，不是網絡、飛機、汽車等現代用品，而是無邊無際、生態環境異常良好的鄉村田疇、山巒、草地、水面。它們作為這些發達的典型的農業供給側，不僅供給了豐富、的奶酪、牛肉、魚類等農產品，還有潔凈的空氣、水源和風景如畫的鄉村自然風光。這對我國各地農業供給側結構性改革頗具啟發意義。