效率低

現代農機合作社作用發揮的好壞，取決于經營規模的大小。目前，現代農機合作社普遍存在著作業量不夠、經營規模不足的突出問題。一是土地規模經營面積相對不大，影響了大型農業機械作用的發揮。二是作業網格小，線桿阻攔、溝塘隔離、林網過密，不利于大機械行走，空運轉時間太長，生產成本增加，經濟效益降低，制約了大型農業機械作用的發揮。

缺資金

由于現代農機合作社投資規模大且發展速度快，因此也隨之而來造成場、庫、棚建設和生產流動資金缺口較大。一是機械設備更新換代需要資金。目前現代農機合作社部分農機設備存在老化現象，農機科技落后，有些配套農具已不適用，急需資金購進先進機械設備，以適應現代農業生產發展的需要。二是承包租賃土地需要資金。目前現代農機合作社自主經營的耕地面積較少，急需生產資金承包耕地擴大經營規模。當前現代農機合作社購買大型機械和承包租賃耕地都面臨貸款難問題，場、庫、棚建設和生產流動資金缺口較大，應引起相關部門的足夠重視。

不合理

在機具配置結構方面也有不盡合理的地方。一是大型適用機具數量少，而且現有的現代農機合作社農機具品種單一，遠遠不能適應綜合作業和標準化生產的需要。二是機具裝備不配套。進口機具馬力大，國產機具馬力小，動力機械大馬拉小車造成農機作業效率低、能耗大、損失多，嚴重制約了我國農業機械化水平的提高。農機動力與機具的配置也不合理，新技術裝備中的作業機具有效供給不足、農機配套比例過低已成為我國農業機械化的一塊“短板”。