根據(jù)《辦法》，市縣將建立農(nóng)業(yè)、財政、工商、國稅、地稅部門組成的聯(lián)席會議制度，工商部門依法對合作社的生產(chǎn)經(jīng)營活動進行監(jiān)管；農(nóng)業(yè)、財政部門依法對承擔(dān)財政扶持項目的合作社定期檢查，不按規(guī)定使用財政資金或違規(guī)騙取財政資金的列入“黑名單”，今后不再安排扶持項目；稅務(wù)部門對合作社申報納稅情況定期通報，不按時申報的納入失信記錄，依法處理。

   《辦法》要求，各級農(nóng)業(yè)部門要加強對本級示范社的動態(tài)監(jiān)測管理，每兩年組織監(jiān)測組對本級示范社進行檢測和復(fù)評。對復(fù)評合格的，給予繼續(xù)享受示范社資格，不合格的，取消其示范社資格。市縣農(nóng)業(yè)、財政、工商、稅務(wù)、金融等部門加強溝通和工作配合，每年要對合作社規(guī)范化管理和運作情況進行檢查，對不按要求規(guī)范管理和運作的合作社要督促其限期整改；對不規(guī)范管理和運作的合作社，列入不規(guī)范管理合作社名單，不得參與當(dāng)?shù)睾献魃缦冗M評比，不得承擔(dān)財政資金項目和財政預(yù)算投資項目。

   《辦法》規(guī)定，合作社每年至少召開兩次成員（代表）大會，并有完整的會議記錄，涉及到重大財產(chǎn)處置和重要生產(chǎn)經(jīng)營活動等事項由成員（代表）大會決議通過，切實做到民主決策。合作社成員都應(yīng)當(dāng)出資，從事生產(chǎn)的成員出資總額應(yīng)當(dāng)占合作社成員出資總額的50%以上，單個成員（含團體成員）的出資總額最多不得超過出資總額的20%。

    合作社要做到“四個統(tǒng)一”。統(tǒng)一農(nóng)業(yè)投入品的采購和供應(yīng)；統(tǒng)一生產(chǎn)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)和技術(shù)、培訓(xùn)服務(wù)；統(tǒng)一品牌、包裝和銷售；統(tǒng)一產(chǎn)品和基地的認(rèn)證認(rèn)定。

    財務(wù)管理方面，合作社每年需組織編制年度業(yè)務(wù)報告、盈余分配方案或虧損處理方案、財務(wù)狀況說明書，并經(jīng)過監(jiān)事會（執(zhí)行監(jiān)事）或成員直接審核，在成員（代表）大會召開的15日前置于辦公地點供成員查閱，并接受成員質(zhì)詢。合作社每年年底還必須向農(nóng)業(yè)（農(nóng)經(jīng)）主管部門報送財務(wù)報表和統(tǒng)計報表。