但是，由于我國“三農”工作的歷史和現實所局限，農機專業合作社乃至農民專業合作社的運作當中，目前還存在幾個具體問題，值得探討。　　設備資源的所有者與經營者分離，難以實現設備資源的合理利用與有效保護　　農民專業合作社在組建與運作當中，有部分農民是以資金形式入股，有很大部分農民是以設備資源（農機具設備、土地資源）的形式入社的，社員將設備資源投入合作社，由合作社來經營，社員獲得分紅，社員仍是設備資源的所有者，而合作社則是設備資源的經營者，雖然合作社采取民主管理，但是在具體操作當中，不可能每位社員的經營意愿都能夠滿足，這就是說合作社的經營者只能采取民主集中的方式來經營，也就是說，在某種程度上設備資源的所有者與經營者是分離的。正是由于這個分離，就可能使社員投入的設備資源難以得到合理的利用與有效的保護。一個簡單駿瑪道1804拖拉機的例子，如農民以農機具入社，在農機具的養護當中，合作社認為是農戶的機具，應該由農戶養護；而農戶則認為將機具入社，應該由合作社負責。　　農機作業服務面積的計量誤差，造成合作社服務成本的增加與服務風險的增大　　目前農民專業合作社在對合作社內部開展作業服務的同時，也向外開展作業服務，包括跨區作業。在作業服務的過程當中，土地面積的確定，一般都是依據“土地承包手冊”合同書上的耕地面積，而這個土地承包合同書還是上世紀八十年代初期的產物，加之各地在承包到戶時存在根據土地類別打折等情況，雖然這其中經歷了幾次合同完善與核對面積，但是，合同書上體現的面積往往與實際面積不符，而且實際面積比合同書上的面積要大，這就造成了合作社在作業服務過程中的作業成本增加和服務量增大。例如機械化植保統防統治的作業服務，合作社在前期與農戶簽訂作業服務合同，為調動農戶機械化植保統防統治的積極性，合作社作出如實現不了防治效果，則按損失賠償的承諾，而在具體防治與作業服務當中，則按農戶提供的面積進行配藥施藥，由于面積的誤差，可能達不到防治效果，就出現了合作社要賠償的后果。　　農機專業合作社的發展壯大與現實條件存在差異　　實現合作社的發展壯大，是農民專業合作社目的之一。但是，這方面的意愿與現實條件存在差異。一是農民專業合作社融資難。現在農業機械動輒上萬，雖然有一定補貼，但是資金占用量還是比較大，合作社要發展壯大，必須要資金添置機具設備，而合作社的融資渠道只有兩條，一是農戶股金（這是有限的），二是貸款（這是很有限度的），可是這兩條渠道都難以滿足發展的需要。二是作業條件改善難。農民專業合作社的作業服務，社會化大生產是方向，而我國目前實行的土地家庭聯產承包為主體，統分結合的雙層經營體制已經將土地承包到戶，雖然土地流轉政策將土地的集約化程度提高，土地整理將土地的機械化作業條件改善，但是這些還只是示范性的，農田水利基本建設的條件并未完全從根本上得到改善，要實現農民專業合作社的社會化大生產，作業條件的改善，還有大量的工作要做。三是管理、技術、服務水平提升難。雖然政府出臺了各項政策鼓勵和發展農民專業合作社，要增強合作社的凝聚力、吸引力、感召力，但是，如何來增強，具體怎么做，卻沒有答案。而目前農民專業合作社運作的實際是：1.依托基層農業站所、經濟組織，組織一些農戶，投入一些資金，搞一點經營。2.依托農機大戶，聚合一些機具，搞一些服務。3.依托公司或者老板，流轉一些土地，搞一些開發。4.依托農戶熱情，組成一個班子，自生自滅。因此，在這種情況下，要使管理、技術、服務的水平提升上來，是很難的。　　綜上所述，筆者認為，要實現農民專業合作社的健康發展，應該做好以下幾個方面的具體工作。　　農民專業合作社應制定詳細的內部管理辦法并實施。雖然目前合作社有章程、管理制度等等，但是往往是形式上的。合作社應該根據自身實際，制定詳細、實用的內部管理辦法，既保證集體的權力得到尊重，又保證社員的利益不被侵害，這些制度和管理辦法要由合作社來做。　　土地面積應該核實。誠然有歷史的原因存在土地面積誤差，但近年來的基本建設（農業的和非農業的、公益的和非公益的）也使土地面積存在計量不準的事實，應該在條件允許的范圍內進行核實，這是一個系統工程，牽涉到按土地面積計算的各種利益關系、統計數據等等，這項工程應該由政府來做。　　加強農民專業合作社的培育與扶持。要改善農民專業合作社的作業服務條件，加大扶持與培育力度，特別要加強對農民專業合作社的管理與引導。

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